محمدرضا باهنر درباره افشاگری‌های اخیر محمود احمدی‌نژاد و این ادعا که عده‌ای «جزیره خریده‌اند تا درصورت جوشیدن خشم ملت به آنجا فرار کنند!» گفت:  «کسانی در یک مقطعی از زندگی‌شان یک مسئولیت‌های ویژه‌ای را پیدا می‌کنند؛ این پست‌ها که دائمی نیست، نمی‌ماند و می‌رود. حالا اگر کسی بخواهد از اطلاعات ویژه‌ای که آن زمان به دلیل آن مسئولیتش استفاده کند؛ می‌تواند به دادگاه مراجعه کند و بگوید «فلانی سوءاستفاده مالی را کرده است، این مدارک و اسناد را هم دارم»، و  قوه قضائیه هم رسیدگی می‌کند. اما حالا اگر او بخواهد از اطلاعاتش استفاده حزبی، سیاسی و جناحی کند، این خودش یک جرم است و حتما مقامات اطلاعاتی کشور باید برخورد کنند. حرف باید مستند باشد. اگر اسنادی را برداشته از محل وزارت اطلاعات و برده جای دیگری، خود این جرم است و باید رسیدگی شود. این‌ها مسائلی است که تعریف قانونی و حقوقی دارد.»

باهنر اینگونه افشاگری‌ها را «نخ‌نما» شده دانست و در پاسخ به این سوال که آیا بحث جزیره‌خریدن مسئولان صحت دارد یا خیر گفت: «من واقعا اطلاع ندارم. یک موقع کسی می‌گوید «یک نفر دزدی کرده»، با این جمله کسی از ۸۰ میلیون نفر جمعیت ایران متهم نمی‌شود، ولی یک موقعی است که می‌گوید «یک نماینده دزدی یا فلان کار را کرده»، در اینجا ۲۹۰ نماینده مورد اتهام قرار می‌گیرند و تک‌تک نماینده‌ها می‌توانند علیه تو اعلام جرم و اعاده حیثیت کنند. حالا اگر یک کسی بیاید و بگوید «مسئولان رفته‌اند فلان کار را کرده‌اند»؛ بالاخره باهنر جزو آن‌ها هست یا نیست؟ آقای فلانی جزو آن‌ها هست یا نیست؟ رؤسای جمهور سابق جزو آن‌ها هستند یا نه؟ این‌ها یک مقدار کارهای پوپولیستی است؛ بگویم یا نگویم. خلاصه این حرف‌ها از جنس تبلیغاتی است که باید یک مقدار دعا کنیم که آخر و عاقبت همه ما ختم به خیر شود ان‌شاءالله.»