طی حدود ۴ دهه اخیر موضوع ارتباط گروه “فرقان” با افکار و آثار علی شریعتی بارها از جانب سیاسیون و پژوهشگران تاریخ سیاسی معاصر مطرح شده است. از دیگر سو، مسائل مربوط به اختلافات میان مرتضی مطهری و علی شریعتی نیز در دوران پیش از انقلاب۵۷ در همین عرصه  بارها مورد بررسی قرار گرفته است.

عده ای بر این باورند که گروه “فرقان” حاصل انحراف از افکار و آثار شریعتی بود و عده ای دیگر بر این باورند که “فرقانی ها” فرزندان خلف شریعتی محسوب می شوند.

در همین زمینه، علی مطهری در واکنش به انتشار مطلبی درباره ترور محمد مفتح و ارتباط آن با گروه “فرقان”، بر این نکته تأکید کرد که “فرقان حاصل افکار شریعتی بوده است”.

مطهری در بخشی از یادداشت اخیر خود می نویسد «کسانی که فرقان را حاصل افکار دکتر شریعتی می‌دانند یا لااقل افکار آن مرحوم را یکی از عوامل شکل‌گیری این گروه می‌دانند، استنادشان یکی به برخی نوشته‌ها و گفته‌های دکتر شریعتی و دیگر نشریات خود گروه فرقان است که به صراحت تأثیرپذیری خود از آثار آن مرحوم را به نمایش گذاشته و بلکه اعلام کرده‌اند و گاهی چندین صفحه از آثار او را در نشریاتشان نقل نموده‌اند و رهبر این گروه نیز در دادگاه، یکی از دلایل ترور استاد مطهری را انتقاد او از برخی افکار دکتر شریعتی اعلام کرد.

شهید بزرگوار دکتر مفتح در واقع قربانی همراهی با استاد مطهری شد. ایشان که به پیشنهاد آیت‌الله مطهری امامت جماعت مسجد قبا را به عهده گرفت، همچنان که به پیشنهاد استاد مطهری ریاست دانشکده الهیات را به عهده گرفت، زمانی که گروه فرقان قصد داشتند مسجد قبا را پایگاه خود قرار دهند، با تذکر استاد مطهری آن‌ها را از این مسجد اخراج کرد. لذا گروه فرقان کینه آن شهید را به دل داشتند و گرچه او را مخالف دکتر شریعتی نمی‌پنداشتند ولی وی را به شهادت رساندند. لعنت خدا بر این گروه نادان و جنایتکار».